Pala begann 2003, das Gemälde genauer zu untersuchen. Zuvor hatte er einen Bericht gehört, wonach Wissenschaftler vermuteten, Da Vinci habe im "Letzten Abendmahl" eine musikalische Komposition versteckt. Den Musiker und Computertechniker ließ die Geschichte nicht mehr los und er stellte eigene Nachforschungen an. In seinem Buch "La Musica Celata" (Die versteckte Musik) erklärt er, wie er Elemente des Gemäldes von symbolischen Wert als Notenschrift interpretierte. Er habe zunächst fünf Linien eingezeichnet und dann bemerkt, dass die Brotlaibe und die Hände von Jesus und den Aposteln Noten darstellen könnten.

Musikalisch ergab das alles allerdings keinen Sinn. Erst als Pala die Noten von rechts nach links las, entstand Musik. Das Ergebnis ist die 40 Sekunden lange "Hymne an Gott", die sich nach Angaben des Autors am besten auf einer Orgelpfeife spielen lässt, dem zu Da Vincis Zeiten am häufigsten verwendeten Instrument für religiöse Kompositionen.

Der Kunsthistoriker Alessandro Vezzosi hält Palas Erkenntnisse für plausibel. Er warnte allerdings davor, zu viel in das Bild hinein zu interpretieren. Vezzosi verwies darauf, dass Da Vinci auch Instrumente gestaltete und in seinen Schriften musikalische Rätsel versteckte, die von rechts nach links gelesen werden mussten.