Nach Informationen der "Washington Post" wurde die Durchsuchung von Sonderermittler Robert Mueller angeordnet. Er überprüft mögliche Absprachen zwischen dem Trump-Team und russischen Regierungsvertretern im Wahlkampf. Manafort gilt als eine der Schlüsselfiguren in der Russland-Affäre. Der Zeitung zufolge wurde sein Anwesen im US-Bundesstaat Virginia bereits Ende Juli durchsucht.

Manafort hat jegliches Fehlverhalten abgestritten. Er musste aber im August 2016 von dem Posten an der Spitze von Trumps Wahlkampfteam zurückgetreten. Der Grund waren Berichte, wonach er Geld vom früheren prorussischen Präsidenten der Ukraine, Viktor Janukowitsch, erhielt. Unter anderem war ein "Schwarzes Kassenbuch" aufgetaucht, das angebliche Zahlungen der Janukowitsch-Regierung an Manafort in Höhe von insgesamt etwa 1,2 Millionen Dollar in den Jahren 2007 und 2009 belegen soll.

Zudem arbeitete Manafort in den 2000er Jahren heimlich als Lobbyist für den russischen Aluminiumindustriellen Oleg Deripaska, wie die Nachrichtenagentur AP im März erfahren hatte. Ihm soll Manafort angeboten haben, politische Entscheidungsträger, Unternehmer und Journalisten innerhalb der USA, Europas und der ehemaligen Sowjetrepubliken zugunsten der Regierung des russischen Präsidenten Wladimir Putin zu beeinflussen.

Manafort nahm im Juni 2016 auch an einem Treffen des ältesten Trump-Sohns Donald Trump Junior und seines Schwiegersohns Jared Kushner mit einer russischen Anwältin teil. Dabei soll es um brisantes Material über die demokratische Präsidentschaftsbewerberin Hillary Clinton gegangen sein.