Bei der Bundestagswahl 2009 hat Friedrich Merz nicht mehr kandidiert. Dennoch ist er immer wieder auf der politischen Bühne präsent und genießt besonders beim Wirtschaftsflügel der Union großes Ansehen. Seine politische Karriere ist von Höhen und Tiefen gezeichnet.
Nach der Wahlniederlage von Altkanzler Kohl 1998 kam Merz an die Parteispitze.
2000 wurde er zum Vorsitzenden der CDU/CSU-Bundestagsfraktion und war für den Bundestagswahlkampf 2002 mitverantwortlich.
Merz war ein starker Gegner der Sozial- und Gesundheitsreformpläne von SPD und Grünen.
Nach der Wahlniederlage der Union trat er 2002 vom Amt des Fraktionsvorsitzenden zurück. Das Amt übernahm daraufhin die Parteichefin Angela Merkel.
Merz fungierte danach als stellvertretender Vorsitzender der Fraktion.
Nach dem Wahlsieg Edmund Stoibers 2003 zeigte die CDU/CSU verstärkt Kompromissbereitschaft bezüglich der rot-grünen Reformpolitik. In Folge kündigte Merz seinen Rücktritt an.
Nach langen Diskussionen kehrte Merz in sein Amt zurück. Allerdings kam es vermehrt zu Unstimmigkeiten mit der Parteichefin.
Der parteiinterne Streit über die Reformpolitik der Union führte dazu, dass Merz 2004 seine leitenden Parteiämter aufgab.
2004 veröffentlichte Merz das Buch "Nur wer sich ändert, wird bestehen". Darin schrieb er über die wirtschaftpolitischen Probleme des Landes.
Neben seiner Tätigkeit als Buchautor ist er seitdem als Berater und Journalist tätig.