Für eine Verstrickung bayerischer Rechtsextremisten sprächen einige Indizien, sagte der Politikwissenschaftler Steffen Kailitz im NSU-Untersuchungsausschuss des bayerischen Landtags. Kailitz nannte vor allem die Kameradschaft Süd, die von dem selbst wegen Terrorismus verurteilten Neonazi Martin Wiese geleitet wurde, und die Fränkische Aktionsfront.

München und Nürnberg seien bevorzugte Tatorte gewesen, weil beide Städte "Führerstädte" Adolf Hitlers gewesen seien. Es sei unwahrscheinlich, dass die NSU-Mörder "gänzlich ziellos" zu ihrem ersten Mord nach Nürnberg gefahren seien. In den 1990er Jahren nahmen die zwei späteren NSU-Terroristen Uwe Böhnhardt und Uwe Mundlos nach Angaben von Kailitz an mehreren Neonazi-Veranstaltungen in Bayern teil. Die späteren Morde seien möglicherweise von einem Netzwerk von Kameraden vorbereitet worden, nicht nur von einer kleinen dreiköpfigen Gruppe.