Jonker wurde am 22. September 1962 in Amsterdam geboren. Als Fußballer schaffte er es nie zum Profi, als Trainer und Co-Trainer machte er dageben bei einigen Top-Adressen Station. Seine Laufbahn begann er 1997 als Assistent von Dick de Boer beim niederländischen Klub FC Volendam.

2002 wurde er Co-Trainer von Louis van Gaal beim FC Barcelona. Es folgten Stationen als Cheftrainer beim MVV Maastricht und Willem II Tilburg, ehe Jonker 2009 wieder mit van Gaal zusammenarbeitete, diesmal bei Bayern München. Hier sieht man ihn mit Arjen Robben. Nach van Gaals Entlassung war er zum Ende der Saison 2010/11 auch kurzzeitig Interimscoach beim deutschen Rekordmeister, übernahm danach die U23.

Jonker führte die Niedersachsen zwar zum Klassenerhalt, doch in der neuen Saison wurde er nach nur vier Spieltagen entlassen. Wolfsburg stand zu diesem Zeitpunkt mit 4 Punkten und nur zwei Toren auf Platz 14.