Foodwatch wurde 2002 von dem ehemaligen Geschäftsführer der Umweltschutzorganisation Greenpeace Thilo Bode in Berlin gegründet. Finanziert wird die Arbeit des Vereins aus Förderbeiträgen und Spenden. Im November 2014 waren bereits über 30.000 Förderer beteiligt.
Der Verein verleiht jährlich den Goldenen Windbeutel, einen Negativpreis für Lebensmittelhersteller. Verbraucher können dazu online abstimmen, von welchem Produkt welches Lebensmittelherstellers sie sich aufgrund seiner Werbung betrogen fühlen. So wurde der Preis 2009 beispielsweise dem Hersteller Danone für seinen Trinkjoghurt Actimel verliehen, der als wirksames Mittel gegen Erkältungen beworben wurde, foodwatch zufolge jedoch ähnlich stärkend für das Immunsystem sei wie herkömmlicher Naturjoghurt, nur deutlich teurer und zuckerhaltiger. Ein Jahr später erhielt Ferrero den Goldenen Windbeutel für seine Milchschnitten-Werbung, in der es hieß: "Schmeckt leicht. Belastet nicht. Ideal für zwischendurch." Begleitend zu diesem Slogan wurden in der Werbung verschiedene Sportler präsentiert. Da eine Milchschnitte jedoch zu fast 60 Prozent aus Fett und Zucker besteht, fühlten sich viele Verbraucher von der Werbung belogen und wählten Ferrero zum Gewinner des Negativpreises.
Foodwatch führt unter anderem Lebensmitteltest und -vergleiche durch, um auf schädliche Stoffe aufmerksam zu machen. So wurden 2007 beispielsweise Kartoffelchips auf den krebserregenden Stoff Acrylamid hin getestet und Bioprodukte, Markenchips und Eigenmarken von Discountern miteinander verglichen. Am schlechtesten schnitten in diesem Test die Chips Pringles der Marke Procter & Gamble ab. 2012 verlor foodwatch einen Prozess gegen den Konzern Unilever. Foodwatch warf dem Lebensmittelkonzern irreführende Werbung im Falle der Margarine "Becel pro.activ" vor. Das Gericht entschied jedoch, dass die angezweifelte Werbeaussage eine Meinungsäußerung und keine Tatsachenbehauptung sei, sodass sie zulässig wäre. Auch in die Debatte um die Transatlantische Handels- und Investitionspartnerschaft (TTIP) und das Umfassende Wirtschafts- und Handelsabkommen (CETA) hat foodwatch sich in der selbstorganisierten Europäischen Bürgerinitiative mit eingebracht und Unterschriften gegen die Handelsabkommen mit den USA und Kanada gesammelt.