Trotz seiner Klassifikation als Regionalexpress fährt der Niers-Express besonders auf dem Abschnitt zwischen Meerbusch-Osterath viele Haltestellen an, die wegen des geringeren Fahrgastaufkommens eher in die Zuständigkeit der lokalen S-Bahnlinien fallen würde. Dies liegt teilweise in der Stilllegung der alten DB-Bahnhöfe in der Region begründet. So sind unter anderem die Bahnhöfe in Pfalzdorf, Benrad-St. Tönis, Wetten und St. Hubert-Voesch nicht mehr anfahrbar. Damit die Region trotzdem noch vom Nahverkehr bedient werden kann, weist die Strecke des RE 10 hier eine besonders hohe Haltefrequenz auf.
Seit der Übernahme der Strecke durch die NordWestBahn werden für den Betrieb des Niers-Express ausnahmslos Züge vom Typ LINT 41H eingesetzt. Diese Dieseltriebwagen werden vom französischen Alstom-Konzern gefertigt und verfügen über genug Platz für etwas 250 Fahrgäste, die auf 129 Sitz-, und ungefähr 121 Stehplätzen Platz finden. Die Fahrzeuge werden von zwei 430 PS starken Dieselaggregaten auf eine zulässige Höchstgeschwindigkeit von 120 Stundenkilometern beschleunigt. Im Februar 2010 wurde bekannt, dass es bei verschiedenen Fahrzeugen der LINT 41-Baureihe technische Probleme gibt, die sich besonders auf die Zuverlässigkeit der Züge auswirken. Um einen Unfall zu vermeiden wurden die betroffenen Bauteile an den Fahrzeugen geprüft und wenn nötig ausgetauscht.
Zur Bewältigung des hohen Fahrgastaufkommens auf der Strecke des Niers-Express wurde schnell eine dichtere Taktung der Fahrten zu den Stoßzeiten unumgänglich. Besonders der Abschnitt zwischen Geldern und Krefeld wird in dieser Zeit verstärkt bedient. Außerdem ermöglichen die modernen Züge eine Bedienung der Strecke in Dreifachtraktion, was die Effizienz des Betriebsablaufes im Nahverkehr beträchtlich verbessert. Die Preise für eine Zugfahrt sind mittlerweile denen der Deutschen Bahn angeglichen. Es gilt der allgemeine Tarif des VRR.
Auf der Strecke des Niers-Express kommt es besonders an Bahnübergängen in ländlichen Gebieten immer wieder zu schweren Unfällen. Mehrere Menschen verunglückten hier bereits tödlich. Dies ist jedoch nicht auf die Strecke oder deren Betreiber zurück zu führen, sondern stellt viel mehr ein allgemeines Problem des Zugverkehrs dar.