Als Hauptursache für die hohen Nitratwerte in Deutschland gelten zu lasche Regeln für den Umgang mit Gülle und Kunstdünger in der Landwirtschaft. Die Bundesrepublik habe mehrfach international geltende Bestimmungen verletzt, großzügige Ausnahmen gewährt und wissenschaftliche Erkenntnisse ignoriert, heißt es in der Klageschrift. Die zuletzt 2012 übermittelten Zahlen sowie Berichte deutscher Behörden aus jüngster Zeit zeigten demnach eine wachsende Nitratverunreinigung des Grundwassers und der Oberflächengewässer einschließlich der Ostsee. Die Bundesregierung hatte zuletzt bestätigt, dass der Grenzwert für den Nitratgehalt des Grundwassers an immer mehr Orten in Deutschland überschritten wird. Nach einer Antwort des Umweltministeriums auf eine Frage der Bundestagsabgeordneten Bärbel Höhn (Grüne) lag der Anteil der Messstellen, an denen ein Nitratgehalt über dem gesetzlichen Grenzwert von 50 mg/l gemessen wurde, im vergangenen Jahr bei 18,1 Prozent. Zum Vergleich: Im Jahr 2011 war dies erst an 15,4 Prozent der Messstellen der Fall gewesen. Inzwischen sind fast ein Drittel aller Flächen in Deutschland betroffen. In Nordrhein-Westfalen (40 Prozent), Schleswig Holstein (50 Prozent) und Niedersachsen (60 Prozent) ist der Anteil sogar noch deutlich höher.

Im Fall einer Verurteilung muss Deutschland im nächsten Schritt mit einer Geldstrafe rechnen. Die Höhe richtet sich nach der Dauer und Schwere des Verstoßes sowie der Zahlungsfähigkeit des betreffenden Staates. Gegen Deutschland sind Strafen in sechsstelliger Höhe pro Tag möglich.

Nitrat ist für das Pflanzenwachstum von großer Bedeutung. Allerdings können überhöhte Nitratwerte das Süßwasser und die Meeresumwelt schädigen, indem sie das Algenwachstum begünstigen und dadurch anderes Leben ersticken.